Αρχικά, ο χώρος του ανακτόρου του Ajuda ήταν μια ξύλινη δομή που χτίζεται για τη βασιλική οικογένεια, ο οποίος αποφάσισε να μετακομίσει εδώ μετά το σεισμό του 1755. Το κτίριο αυτό ονομάζεται και «Royal παράγκα» ή «Ξύλινα παλάτι." Καταστράφηκε από πυρκαγιά το 1795, και στη θέση του χτίστηκε ένα πέτρινο παλάτι.

Το κτίριο άρχισε να κτίζεται από τον αρχιτέκτονα Manuel Sita de Souza, ο οποίος σχεδίαζε να το κάνει στα τέλη του μπαρόκ - ροκοκό. Λίγο αργότερα, η κατασκευή συνεχίστηκε αρχιτέκτονες José da Costa και Francisco Xavier Fabri, αλλά το κτίριο έχει χτιστεί στο νεοκλασικό στυλ. Κατασκευή συνεχίστηκε μέχρι το 1807 και δεν είχε τελειώσει. Το παλάτι είχε καταληφθεί από τα στρατεύματα του Ναπολέοντα και η βασιλική οικογένεια αναγκάστηκε να φύγει από την Πορτογαλία και να βρουν καταφύγιο στη Βραζιλία. Κατασκευή προχώρησε αργά, μερικές φορές σταμάτησε, άλλαξε την όψη του παλατιού εν όψει του γεγονότος ότι σε κάθε στάδιο της κατασκευής ήταν άλλος αρχιτέκτονας. Το 1826 το παλάτι έγινε και πάλι μια βασιλική κατοικία. Το 1910 το παλάτι έκλεισε μετά την ανακήρυξη της Δημοκρατίας και λειτουργεί ως μουσείο από το 1968.

Το μουσείο στεγάζει μια υπέροχη συλλογή έργων τέχνης από το XV και τελειώνει ΧΧ αιώνα. Τα δωμάτια του παλατιού είναι διακοσμημένα με έπιπλα σε στιλ του Λουδοβίκου XV, ταπετσαρίες και αγάλματα. Στο παλάτι του πολλά εξωφρενικές στοιχεία της διακοσμητικής τέχνης. Μια τέτοια αφθονία πολυτελών ήταν το αποτέλεσμα της πρωτοφανούς πλούτου στο XVIII αιώνα, όταν για πρώτη φορά στη Βραζιλία ανακαλύφθηκαν διαμάντια. Η μαγευτική Winter Garden, αίθουσα χορού, Πρέσβης δωματίων, καθώς και συμπόσιο Αίθουσα του Θρόνου.

Μέχρι τώρα, το παλάτι χρησιμοποιείται από την κυβέρνηση της Πορτογαλίας για τις επίσημες τελετές.