Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου βρίσκεται στο βόρειο τμήμα της λίμνης Βουλισμένη το δρόμο Παλαιολόγος, 74, σε απόσταση λίγων λεπτών με τα πόδια από το κέντρο της πόλης. Το μουσείο ιδρύθηκε το 1970 και έχει μια πλούσια συλλογή από αρχαιολογικά ευρήματα του νομού Λασιθίου.

Η έκθεση μουσείου τοποθετείται σε οκτώ αίθουσες εκθέσεων και καλύπτει μια τεράστια περίοδο της ιστορίας από τη Νεολιθική μέχρι τη Ρωμαϊκή εποχή. Η συλλογή του μουσείου περιλαμβάνει κεραμικά, πέτρινα γλυπτά, αγάλματα, οικιακά σκεύη, μια ποικιλία των ταφικών αντικείμενα, χρυσά κοσμήματα, χάλκινα αντικείμενα και ελεφαντόδοντο από μια σπάνια παιδική ταφή και περισσότερο.

Το πιο εντυπωσιακό έκθεμα του μουσείου είναι το κρανίο ενός νεαρού άνδρα, βρέθηκε στο ρωμαϊκό νεκροταφείο στον Ποταμό, κοντά στην πόλη. Το κρανίο χρονολογείται στον 1ο αιώνα μ.Χ. και στέφεται με ένα χρυσό διάδημα με τη μορφή των φύλλων της ελιάς. Στο στόμα του κρανίου ήταν ένα ασημένιο νόμισμα από την Πολυρρήνια (Δυτική Κρήτη), η απελευθέρωση του οποίου έχει χρονολογηθεί στα χρόνια της βασιλείας του Ρωμαίου αυτοκράτορα Τιβέριου. Coin, σύμφωνα με την αρχαία παράδοση, ο μεταφορέας έπρεπε να πληρώσει Χάροντα ψυχές των Άδη υποκόσμου πάνω από τον ποταμό Στύγα.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν τα ευρήματα ανακαλύφθηκαν κατά τη διάρκεια ανασκαφών του μινωικού νεκροταφείου της Αγίας Φωτιάς. Αυτό είναι ένα προϊστορικό νεκροταφείο, το οποίο βρέθηκε 260 μινωικούς τάφους, είναι η περιοχή από τους μεγαλύτερους αρχαιολογικούς χώρους της Κρήτης. Ιδρύθηκε το 1600 εδώ διάφορα αγγεία χωρίς τη χρήση του τον τροχό του αγγειοπλάστη και το ύφος του είναι παρόμοια με την κυκλαδική τέχνη.

Παρουσιάστηκε στο μουσείο και εκθέματα από το μινωικό οικισμό του Μύρτου, μεταξύ των οποίων η πιο σημαντική θεωρείται η «Θεά της Μύρτου" - ένα σκάφος υπό τη μορφή της γυναικείας μορφής. Το μουσείο παρουσιάζει επίσης εκθέματα από το Μινωικό Ανάκτορο των Μαλίων, όπως ένα θαυμάσιο νεροχύτες λίθινο αγγείο με τη μορφή του Τρίτωνα.

Αρχαιολογικό Μουσείο Αγίου Νικολάου είναι ένα από τα σημαντικότερα μουσεία της Κρήτης.