Η ιδέα της δημιουργίας του Αρχαιολογικού Μουσείου στην πόλη της Αλμερία έχει ανακύψει κατά το πρώτο μισό του 19ου αιώνα. Με 1837 της πλησιέστερης προς την πόλη και τα περίχωρά της, τα μοναστήρια κατάφεραν να αποσύρει 196 έργα ζωγραφικής και αρχαία νομίσματα και επιτύμβιες στήλες, κοσμήματα και σκεύη, που χρονολογούνται από την περίοδο της Αραβοκρατίας στην Ισπανία. Αλλά για μια σειρά από άγνωστες αιτίες άνοιγμα του μουσείου εκείνη την εποχή δεν είχε λάβει χώρα. Στη συνέχεια, πολλά από αυτά τα έργα τέχνης έκανε την μουσειακή συλλογή εκτός της Αλμερία, ακόμα και στο εξωτερικό.

Ανακήρυξη της Δεύτερη Ισπανική Δημοκρατία ήταν το γεγονός ότι το 1933 στην Αλμερία ανοίξει ακόμη Αρχαιολογικό Μουσείο, το οποίο στεγάζεται στο κτίριο του Ινστιτούτου Ερευνών. Η αρχική συλλογή του μουσείου τα αρχαιολογικά ευρήματα που βρέθηκαν κατά τις ανασκαφές στην Αλμερία και τα περίχωρά της. Το 1934, το μουσείο έχει ήδη ξεκινήσει συνεργασία με άλλες συλλογές μουσείων της χώρας. Το 1979, σε σχέση με την επέκταση των συλλογών του Μουσείου μεταφέρθηκε στο κτίριο, το οποίο στεγάζει το Κολέγιο της Αγίας Μαρίας της Παρθένου del Mar.

Το 1998 από τους αρχιτέκτονες Ignacio García Pedrosa και η Angela Garcia de Paredes χτίστηκε ένα νέο κτίριο του μουσείου, που ανταποκρίνεται στις σύγχρονες απαιτήσεις. Το εσωτερικό του νέου κτιρίου, ευρύχωρο και φωτεινό χάρη σε ένα πολύπλοκο σύστημα φυσικού φωτισμού, μινιμαλιστικό σχεδιασμό, ένα σαφές γεωμετρικές γραμμές και χωρική ικανότητα. Συλλογή του Αρχαιολογικού Μουσείου της Αλμερία είναι εκθέματα από την παλαιολιθική περίοδο μέχρι την κυριαρχία των Μαυριτανών της Ιβηρικής Χερσονήσου.