Το Ναυτικό Μουσείο βρίσκεται στο Μινατό Mirai, και είναι αφιερωμένο στην ναυτική ιστορία της Ιαπωνίας. Εγκαινιάστηκε το 1993. Το κύριο έκθεμα του μουσείου - ιστιοφόρο ναυτικής εκπαίδευσης Nippon Maru, το οποίο ξεκίνησε το 1930 και σήμερα βρίσκεται στους πρόποδες του πύργου Landmark Tower.

Το μουσείο διαθέτει τη μεγαλύτερη ναυτιλιακή εταιρεία NYK Line, η ιστορία του οποίου χρονολογείται από τη δεκαετία του 1870. Ο σημερινός στόλος της αποτελείται από 776 πλοία με γραφεία άνοιξαν σε 27 χώρες σε όλο τον κόσμο, συμπεριλαμβανομένης της Ρωσίας. Η εταιρεία αποτελεί μέρος του ομίλου Mitsubishi.

Το μουσείο αφηγείται την ιστορία της Γιοκοχάμα ως ένα από τα λιμάνια της Ιαπωνίας, η οποία στο ΧΙΧ αιώνα ήταν ανοιχτοί στο διεθνές εμπόριο. Πιστεύεται ότι το άνοιγμα της Ιαπωνίας προς τον υπόλοιπο κόσμο ήταν σε μεγάλο βαθμό οφείλεται διοικητής Matthew Perry, πολιτική και αξιωματικός των Ναυτικών Δυνάμεων των ΗΠΑ. Στα χρόνια 1852-1854 κατείχε επιτυχώς δύο διπλωματικές αποστολές, η οποία είχε ως αποτέλεσμα στις Ηνωμένες Πολιτείες και η Ιαπωνία υπέγραψαν τη σύμβαση της Kanagawa χαλαρώνοντας την αυτο-απομόνωση του ανατέλλοντος ηλίου. Αποστολές Perry ήταν το τέταρτο και το πέμπτο ΗΠΑ επιχειρεί να δημιουργήσει το εμπόριο και τις διπλωματικές σχέσεις. Perry είχε διαταχθεί να κάνει χρήση βίας αν η Ιαπωνία αρνείται να διαπραγματευθεί. Τα πλοία του πυροβόλησε στον αέρα και να αφήσει έξω μαύρο καπνό, έτσι ώστε η ιαπωνική μοίρα το παρατσούκλι "μαύρο".

Το μουσείο λέει για το πώς ο αναπτυγμένος κόσμος και η ιαπωνική ναυπηγική βιομηχανία από τα μέσα του δέκατου ένατου αιώνα, των σύγχρονων τεχνολογιών στη βιομηχανία και την σπουδαιότητα του λιμανιού της Γιοκοχάμα. Εδώ είναι μια μεγάλη συλλογή των μοντέλων της σύγχρονης και του έτους συγκομιδής των πλοίων, μια συλλογή από βιβλία για τη ναυπηγική βιομηχανία.

Ιστιοφόρο Nippon Maru - τέσσερα-έχων ιστούς πλοίου 300 πόδια. Με τα χρόνια πέρασαν, σύμφωνα με τις εκτιμήσεις, 1, 8 εκατομμύρια. Χιλιόμετρα και ως εκπαιδευτικό πλοίο για ναυτική υπηρεσία έχει ετοιμάσει περίπου 11, 5 χιλιάδες άτομα. Εγκαινιάστηκε τον Ιανουάριο το 1930. Μετά τον Δεύτερο Παγκόσμιο Πόλεμο χρησιμοποιήθηκε για τον επαναπατρισμό των ατόμων από τις πρώην αποικίες της Ιαπωνίας. Το 1984 Nippon Maru συμπληρώσει υπηρεσία και ήταν αγκυροβολημένο στους πρόποδες του Πύργου ορόσημο.