Πανεπιστήμιο του Ζάγκρεμπ είναι το αρχαιότερο όχι μόνο στην Κροατία, αλλά και στη Νοτιοανατολική Ευρώπη. Η ημερομηνία της επίσημης ίδρυσής του θεωρείται 23 Σεπτέμβρη, 1669, όταν ο Ρωμαίος αυτοκράτορας και ο Ούγγρος-Κροατικά βασιλιάς Λεοπόλδος Α εξέδωσε νομοθεσία η οποία αναγνωρίζει τα δικαιώματα και το καθεστώς των πανεπιστημιακών εκπαιδευτικών ιδρυμάτων της πρώην Ιησουιτών Ακαδημία, η οποία λειτουργεί στο έδαφος της ελεύθερης βασιλική πόλη του Ζάγκρεμπ, την πρώην πρωτεύουσα του Βασιλείου της Κροατίας και στη Σλοβενία. Η ημερομηνία αυτή είναι η αρχή της ιστορίας του Πανεπιστημίου του Ζάγκρεμπ στον αγώνα τους για την εφαρμογή των δικαιωμάτων που λαμβάνονται και να αποκτήσει μια αξιόλογη θέση μεταξύ των έγκυρη και εκπρόσωπος των πανεπιστημίων και ακαδημιών στην Κεντρική Ευρώπη.

Ιστορίας του Πανεπιστημίου του Ζάγκρεμπ στη σύγχρονη μορφή της αρχίζει με τον επίσκοπο dzhyakovskogo πρωτοβουλία και εξέχοντες προστάτης της κροατικής Josip Juraj Strossmayer, όταν το 1861 πρότεινε να οργανώσει το πανεπιστήμιο τέσσερις σχολές: Ιατρική, θεολογικές, φιλοσοφικές και νομικές. Η πρόταση θεωρήθηκε για πολλά χρόνια, και το 1874 το Κροατικό Κοινοβούλιο ενέκρινε την πρωτοβουλία και εξέδωσε διάταγμα «Περί του πανεπιστημίου." Την ίδια χρονιά, το πανεπιστήμιο άλλαξε όνομα και έγινε γνωστή ως το σύγχρονο πανεπιστήμιο του Ζάγκρεμπ.

Από το 1990 το Πανεπιστήμιο έχει λάβει μεγαλύτερη αυτονομία, την ίδια στιγμή άρχισε με την προσχώρηση της διαδικασίας της Μπολόνια.