Ζωολογικό κήπο και το Μουσείο της Φύσης στο Σπλιτ ήταν δωρεά προς την πόλη λόγω της έναρξης του ΧΧ αιώνα, πολλά πολύτιμα φυσικά συλλογές. Τον καθηγητή Umberto Dzhirometta το 1923 έθεσε το ζήτημα της δημιουργίας του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας. Το δημοτικό συμβούλιο του Σπλιτ πήρε το θέμα με την αναθεώρηση και το 1924 ίδρυσε το πρώτο μουσείο και Dzhirometta έγινε αρχηγός του μέχρι το θάνατό του το 1939.

Στα πρώτα χρόνια της ύπαρξής του, το μουσείο βρίσκεται σε ένα από τα δημοτικά κτήρια στο κέντρο της πόλης. Σύντομα ο χώρος δεν ήταν αρκετό, και το μουσείο μεταφέρθηκε σε ένα από τα κτίρια του πάρκου Marjan. Μαζί με το μουσείο άνοιξε ένα μικρό ζωολογικό κήπο, που εκπροσωπεί περίπου είδη ιθαγενών και εξωτικών ζώων. Για το πρώτο στην πρώην Γιουγκοσλαβία ενυδρείο δίπλα στο κτίριο του μουσείου χτίστηκε επιπλέον χώρο. Αρκετά χρόνια αργότερα, το Oceanarium έκλεισε και μετατράπηκε σε ένα μικρό κλουβί. Σήμερα στο Σπλιτ ζωολογικός κήπος έχει πάνω από 300 είδη ζώων.

Το κτίριο στο πάρκο Marjan στις εχθροπραξίες το 1991 έκλεισε για λόγους ασφαλείας. Στη συνέχεια, το μουσείο μεταφέρθηκε στο Gripe φρούριο, και μετά το 1997 επέστρεψε στην Marian. Μετά το 2000, μετά από αίτημα των εργαζομένων για τις ανάγκες του Μουσείου έχει διατεθεί ένα νέο χώρο, με συνολική έκταση περίπου 1156 τετραγωνικών μέτρων, στην οποία το Μουσείο άρχισε να λειτουργεί τον Ιανουάριο του 2002.

Πριν από το άνοιγμα του νέου διευθυντή του μουσείου αναδιοργανώθηκε μουσειακών συλλογών και αφηγήθηκε αρκετές νέες εκθέσεις (π.χ., συλλογή ταριχευμένων ζώων και πτηνών, του Τμήματος Γεωλογίας και Παλαιοντολογίας, εντομολογία, Τμήμα σπονδυλωτά και ασπόνδυλα, κλπ). Διεξήχθησαν επίσης εργασίες σχετικά με την επεξεργασία και τη συστηματοποίηση των εκθεμάτων, επιτόπια έρευνα στο κεντρικό τμήμα της Δαλματίας, πολλές εκθέσεις στο μουσείο και έξω από αυτό. Επιπλέον, το προσωπικό του μουσείου συμμετάσχει σε πολλά επιστημονικά συνέδρια.

Στο ισόγειο του μουσείου φιλοξενεί διάφορες εκθέσεις, και στους άλλους ορόφους στεγάζει τη μόνιμη έκθεση. Οποιοσδήποτε μπορεί να αγοράσει τα επιπλέον υλικά μουσείο για την ιστορία του μουσείου και της τοπικής φυσικής ιστορίας.