Εκκλησία της Santa Cruz χτίστηκε από Ιησουΐτες μοναχούς το 1608 ως ενοριακός ναός για τους Κινέζους μετανάστες στη Μανίλα, πολλά από τα οποία έχουν υιοθετήσει τη χριστιανική πίστη. Όταν οι Ιησουίτες εκδιώχθηκαν από τις Φιλιππίνες, η εκκλησία έγινε η περιουσία του δομινικανός μοναχός. Η εκκλησία σχεδόν καταστράφηκε δύο φορές από ισχυρό σεισμό και τραυματίστηκε σοβαρά κατά τη διάρκεια της περίφημης μάχης της Μανίλα, τον Φεβρουάριο του 1945, η οποία σηματοδότησε το τέλος της σχεδόν τρία χρόνια της ιαπωνικής κατοχής της πόλης.

Όταν το 1571 ανακηρύχθηκε πρωτεύουσα των Φιλιππίνων Μανίλα των αρχιπελάγους, έχει γίνει μεταμορφωνόμαστε στην ομοιότητα της μεσαιωνικής ευρωπαϊκή πόλη με τις εκκλησίες, τα παλάτια και το δημαρχείο χτίστηκε στο στυλ του ισπανικού μπαρόκ. Το σημερινό κτίριο της εκκλησίας της Σάντα Κρουζ, ανακαινισμένο το 1957, αποκαταστάθηκε στην αρχική του μορφή. Ωστόσο, είναι δυνατόν να δούμε τα ίχνη του πύργου είναι χαρακτηριστική της ασιατικής αρχιτεκτονικής. Ο βωμός του ναού με την πρώτη ματιά φαίνεται λίγο συγκρατημένη, αλλά ο σχεδιασμός του φωτισμού του τέλεια.

Εκκλησία της Santa Cruz βρίσκεται στην Plaza Lacson (πρώην Gojty Περιοχή), κοντά στη διάσημη Φοντάνα Karredo, που χτίστηκε το 1882 προς τιμήν του "το μεγαλύτερο ευεργέτη των Φιλιππίνων» Francisco Karredo ο οποίος δώρισε 10.000 πέσος για την κατασκευή του πρώτου συστήματος υδροδότησης στη Μανίλα.