Ο ναός της Αγίας Σοφίας χτίστηκε στα μέσα του VII αιώνα πάνω στα ερείπια του τρεις φορές το μήκος της παλαιοχριστιανικής βασιλικής του, και κατά τη Βυζαντινή περίοδο ήταν περιτριγυρισμένο από πολλά κτίρια ως λατρεία και διοικητικούς σκοπούς. Από το 1585 ο ναός μετατράπηκε σε τζαμί, αλλά ήταν εκ νέου χειροτονήθηκε ως εκκλησία το 1912.

Ιστορικά και αρχαιολογικά στοιχεία δείχνουν ότι στον κυρίως ναό και στο νότιο τμήμα της κιονοστοιχίας του ναού της Αγίας Σοφίας θάβονταν μητροπολίτες της Θεσσαλονίκης, για παράδειγμα, Grigoros Kutalis και Konstantin Mesopotamitis.

Το εσωτερικό της εκκλησίας είναι διακοσμημένο με πολλά μωσαϊκά και τοιχογραφίες IX-X αιώνες. Η τοιχογραφία «Η Ανάληψη" κοσμεί τον τρούλο της εκκλησίας.