Στην ιαπωνική ιστορία ήταν μια εποχή που οι κυβερνώντες ευνόησε την εξάπλωση του Χριστιανισμού, και των περιόδων όταν έρθουν από το εξωτερικό θεωρία αποδείχθηκε σε δυσμένεια, και οι οπαδοί του διώκονται. Στους αιώνες XV και XVI, ο Χριστιανισμός εξαπλώθηκε γρήγορα στα νησιά του αρχιπελάγους, αλλά στο τέλος του XVI αιώνα απαγορεύτηκε, και ο λαός της Ιαπωνίας που ασκείται κρυφά. Οι κάτοικοι του Ναγκασάκι αναγκάστηκαν κάθε χρόνο για να αποδείξουν ότι δεν είναι Χριστιανοί. Για να γίνει αυτό που προσφέρθηκε να περιφρονεί την εικόνα του Ιησού Χριστού και της Μητέρας του Θεού, και αυτό το τελετουργικό, που έπρεπε να περάσει μέχρι τα μέσα του ΧΙΧ αιώνα. Σε γενικές γραμμές, ο Χριστιανισμός είχε απαγορευτεί στην Ιαπωνία από όσο δυόμισι αιώνες, κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου εκτελέστηκαν, βασανίστηκαν ή απέλασαν χιλιάδες ανθρώπων που δηλώνουν φανερά τη θρησκεία.

5 του Φεβρουαρίου 1597 στο Ναγκασάκι εκτελέστηκαν δημόσια για το ιεραποστολικό έργο 26 άτομα, μεταξύ των οποίων 20 ήταν Ιάπωνες, τέσσερις Ισπανούς, καθώς και του Μεξικού και της Ινδίας. Με εντολή του τότε βασιλεύοντας Shogun Toyotomi Hideyoshi συνελήφθη Χριστιανοί βασανίστηκαν, στη συνέχεια θα τοποθετούνται στο Ναγκασάκι και σταυρώθηκε στο σταυρό ανεγερθεί πάνω σε ένα λόφο Nisidzaka. Μετά την εκτέλεση των θυμάτων μαρτύρησαν ως άγιοι διαβάσετε και να τις αναγνωρίζουν διαφορετικές ενασχολήσεις. Εκατό χρόνια μετά την ανακήρυξη του 1962 σε ένα λόφο άνοιξε ένα μνημείο και το μουσείο. 6ης Φλεβάρη Η Καθολική Εκκλησία στην Ιαπωνία γιορτάζει την μνήμη τους.

Το μουσείο περιλαμβάνει σημαντικά ιστορικά ντοκουμέντα που έφεραν από την Ευρώπη και αποτελείται στην Ιαπωνία, έργα τέχνης εποχής του πρώιμου Χριστιανισμού στην Ιαπωνία. Έκθεμα χρονολογικά γνωριμία του κοινού με την περίοδο του πρώιμου χριστιανισμού, κατά καιρούς διώξεις των χριστιανών και τη ζωή των μυστικών καθολικοί κατά την περίοδο της κρατικής αυτο-απομόνωση.

Προς το παρόν, ο Χριστιανισμός είναι η τρίτη από τις μεγάλες θρησκείες στην Ιαπωνία μετά τον Βουδισμό και Σίντο. Στις αρχές του εικοστού πρώτου αιώνα, υπήρχαν περίπου 2, 5 εκατομμύρια Χριστιανοί, κυρίως Καθολικοί.