Η Καθολική εκκλησία του Σαν Φρανσίσκο βρίσκεται στο κέντρο της Λα Σερένα. Η εκκλησία είναι η δομή του τέλους του XVI αιώνα.

Το 1563, στο Λα Σερένα εγκαταστάθηκαν Φραγκισκανών μοναχών. Christopher Fray Juan Torrealba Ravaneda χτισμένο σε αυτό το μέρος ένα παρεκκλήσι της Adobe. Στις αρχές του 1585 Fray Φρανσίσκο Μεντίνα και Juan Francisco Ρωμαϊκή Carbury ξεκινήσαμε την κατασκευή του σημερινού κτιρίου εκκλησία του ασβεστόλιθου σε ιταλικό στιλ της Αναγέννησης. Το πάχος των τοίχων του κτιρίου να ανέλθει σε 1, 20 μ. Η κατασκευή ήταν δύσκολη και δαπανηρή, όπως ο ασβεστόλιθος έφερε από Penyulas Alto και από δάση Οβάλ. Εκκλησία του Αγίου Φραγκίσκου ήταν η πρώτη πέτρινη εκκλησία της La Serena και εγκαινιάστηκε ανήμερα τα Χριστούγεννα 1627 στο όνομα της Παναγίας της Καλής Ελπίδας.

Στο XVII αιώνα η πόλη της La Serena έχει υποστεί μια σειρά από επιθέσεις από τους κουρσάρους. Κατά τη διάρκεια της εισβολής της πόλης των πειρατών με επικεφαλής τον Άγγλο Βαρθολομαίος Sharpe το 1680, καταστράφηκε το μεγαλύτερο μέρος της πόλης εκτός από την εκκλησία του Σαν Φρανσίσκο. Ένας σεισμός το 1730 το κτίριο εκκλησία σχεδόν δεν είχε καταστραφεί, εκτός από τη στέγη, την ανακαίνιση του οποίου ολοκληρώθηκε μόλις το 1755. Το 1735 ο ναός άνοιξε ένα μοναστήρι και ένα κολλέγιο για την εκπαίδευση μοναχούς. Εργάστηκε μέχρι το επόμενο καταστροφικό σεισμό του 1796, σε ποιο μέρος του πύργου κατέρρευσε, αφήνοντας το κτίριο της εκκλησίας και το μοναστήρι δεν είναι κατάλληλα για την υπηρεσία. Το 1823, οι Φραγκισκανοί εκδιώχθηκαν και τις περιουσίες τους κατασχέθηκαν.

Στο πρώτο μισό του ΧΙΧ αιώνα, σε σχέση με την ανακάλυψη των εξόρυξη χαλκού στο μοναστήρι άρχισε να εργάζεται Νομισματοκοπείο Coquimbo, αλλά το σχέδιο αυτό ήταν βραχύβια. Με 1840 η δομή της μονής χρησιμοποιήθηκε ως στρατώνας. Κατά τη διάρκεια των μαχών κατά την πολιορκία της Λα Σερένα το 1851, ο πύργος εκκλησία υπέστη σοβαρές ζημιές. Το 1858 το κτίριο αποκαταστάθηκε Φραγκισκανών μοναχών.

Το 1878, ο ναός έχει υποστεί αρκετές τροποποιήσεις: πολλά πατώματα είχαν κατεδαφιστεί, η εκκλησία άρχισε να αποτελείται από τρία κλίτη διαχωρίζονται με καμάρες, η πρόσοψη είχε αλλάξει, υπήρχαν τρεις συμμετρικές είσοδοι σε στιλ νεο-αναγεννησιακό. Το ανακαινισμένο κτίριο εγκαινιάστηκε 1 Οκτώβρη 1899.

Το 1913, ο πύργος και στόκος πρόσοψη της εκκλησίας καταστράφηκε πάλι κατά τη διάρκεια του σεισμού. Το 1923 έχτισε ένα νέο πύργο της εκκλησίας, αυτή τη φορά από οπλισμένο σκυρόδεμα. Το 1975, μετά από έναν ισχυρό σεισμό, εξαιτίας της πολύ κακής κατάστασης του κτιρίου έπρεπε να κλείσει την εκκλησία. Το 1977 άνοιξε το μπροστινό μισό του ναού για τους πιστούς στο υπόλοιπο κτίριο συνέχισαν να εκτελούνται εργασίες αποκατάστασης για την αποκατάσταση της αρχικής κορυφή του πύργου, των τοίχων και οροφών, το οποίο υπήρχε μέχρι τα μέσα του ΧΙΧ αιώνα. Στο σκευοφυλάκιο άνοιξε ένα μουσείο θρησκευτικής τέχνης και πλάκα εκκλησία.

Εκκλησία του Σαν Φρανσίσκο, έχει ανακηρυχθεί εθνικό μνημείο της Χιλής το 1977.