Το μοναστήρι ιδρύθηκε κάτω Μαύρας Dias στο 1280 για μοναχές klarissok. Το μοναστήρι δεν κράτησε για πολύ, και το 1311 έπαψε να υπάρχει. Το 1316 η σύζυγος του βασιλιά Dinis Ι, βασίλισσα Ισαβέλλα της Πορτογαλίας, το ανακαινισμένο μοναστήρι.

Βασίλισσα Ισαβέλλα της Πορτογαλίας που ονομάζεται επίσης «Ιερά Βασίλισσα" λόγω της εξαιρετικής ευσέβεια και δικαιοσύνη της. Η Βασίλισσα, επίσης, φημίζεται για το καλό τους χαρακτήρα, βασίζεται νοσοκομεία, ορφανοτροφεία και σχολεία. Μετά το θάνατο του συζύγου της, ο βασιλιάς Dinis, αποσύρθηκε στη μονή. Και το 1336 η βασίλισσα πέθανε και θάφτηκε στο μοναστήρι του τάφου, διακοσμημένα σε γοτθικό στυλ. Το 1626, η Βασίλισσα Ισαβέλλα αγιοποιήθηκε για τη φιλανθρωπία του και τις καλές πράξεις.

Ο πρώτος αρχιτέκτονας του μοναστηριού ήταν Domingos Domingues, γνωστός για το έργο του σχετικά με τις στοές του μοναστηριού της Alcobaça. Συνέχισε το έργο του αρχιτέκτονα Estevao Domingues, ο οποίος ήταν διάσημος για το έργο του σχετικά με τον καθεδρικό ναό γκαλερί στη Λισαβόνα. Το 1330 η χειροτονία του ναού, και αργότερα στο νότιο τμήμα του ναού χτίστηκε ένα μοναστήρι. Το μοναστήρι είναι πολύ συχνά παρουσιάζονται σε μετρητά δωρεές και δώρα. Στις αρχές του XVI αιώνα, ο ναός ήταν διακοσμημένος με Σεβίλλης πλακιδίων και την εγκατάσταση νέων βωμούς.

Από το μοναστήρι και η εκκλησία χτίστηκαν στην αριστερή όχθη του ποταμού Mondego, στη συνέχεια, ένα χρόνο αργότερα, το κτίριο είχε πλημμυρίσει πάνω από τις όχθες του ποταμού τα νερά. Και για αιώνες το μοναστήρι πλημμύρισαν πολλές φορές. Λόγω των συχνών πλημμυρών στο μοναστήρι αυτό δεν ήταν δυνατό να είναι, και ο βασιλιάς Ιωάννης Δ 'διέταξε να φύγει από το κτίριο και να προχωρήσουμε σε ένα νέο μοναστήρι - Μονή της Santa Clara-a-Nova, χτισμένο πάνω σε ένα λόφο, όχι μακριά από το παλιό κτίριο. Ο τάφος με λείψανα βασίλισσα Ισαβέλλα και άλλες βασιλικές άτομα μεταφέρθηκαν στο νέο κτήριο.

Την πάροδο του χρόνου, το παλιό μοναστήρι σε ερείπια. Το 1910 το κτίριο που αναγράφονται ως μνημείο εθνικής σημασίας, αλλά και έργα ανοικοδόμησης πραγματοποιήθηκαν κατά το πρώτο μισό του εικοστού αιώνα.