Μουσείο Προϊστορικής Θήρας (Θήρα) βρίσκεται στο νησί της Σαντορίνης, στην πόλη των Φηρών. Τα αντικείμενα που παρουσιάζονται στο μουσείο, ως επί το πλείστον έχουν ανακαλυφθεί κατά τη διάρκεια ανασκαφών στο Ακρωτήρι, που διεξήχθησαν υπό την εποπτεία της Αρχαιολογικής Εταιρείας Αθηνών. Υπάρχουν στο μουσείο, και τα λείψανα από τις πρώτες ανασκαφές στον Ποταμό, η οποία πραγματοποιήθηκε υπό την ηγεσία του Γερμανικού Αρχαιολογικού Ινστιτούτου στην Αθήνα, καθώς και αρχαιολογικές ανασκαφές σε διάφορα μέρη της Σαντορίνης.

Το μουσείο παρουσιάζει την νεολιθική κεραμική, πρωτοκυκλαδικά μαρμάρινα ειδώλια και κεραμικά προϊόντα, συμπεριλαμβανομένης της μετάβασης προϊόν, ένα δοχείο συλλογής με εικόνες πουλιών (κυρίως τα χελιδόνια) 20-18 αιώνας π.Χ. και μια ποικιλία μεταλλικών προϊόντων. Το μουσείο εκτίθενται επίσης οικιακών ειδών, τοιχογραφίες, τα όπλα, τα έπιπλα, μια ποικιλία εργαλείων, χάλκινα και πολλά άλλα. Δεδομένου ότι η κορυφή της ανθοφορίας του αρχαίου οικισμού ήρθαν τον 17ο αιώνα π.Χ., ένα μεγάλο μέρος της έκθεσης αναφέρεται στην περίοδο αυτή.

Τα πιο αξιοσημείωτα εκθέματα του μουσείου περιλαμβάνουν τη χρυσή κατσίκα - αυτό είναι το μόνο πράγμα που βρέθηκε ο χρυσός κάποτε ήταν κρυμμένα κάτω από το πάτωμα. Επίσης, είναι απαραίτητο να διαθέσει ένα μαρμάρινο άγαλμα του Ακρωτηρίου (3000 π.Χ.), μια κανάτα με το νησί, Christian (3000 π.Χ.), ένα βάζο με κρίνα (17ος αιώνας π.Χ.), το μινωικό αγγείο του Ακρωτηρίου (17- ος αιώνας π.Χ.), μια κανάτα του Megalahori (αρχές του 17ου αιώνα π.Χ.), το καστ του ένα ξύλινο τραπέζι (17ος αιώνας π.Χ.) και ένα πήλινο φούρνο. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει η τοιχογραφία, όπως «μπλε μαϊμούδες" και "Γυναίκα με πάπυρο."

Μουσείο Προϊστορικής Θήρας αρκετά μικρά και άνοιξε για το κοινό μόνο το 2000. Νωρίτερα αρχαιολογικά ευρήματα που βρέθηκαν στη Σαντορίνη, ως επί το πλείστον πήγε στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο στην Αθήνα, αλλά μετά το άνοιγμα του τοπικού μουσείου της συλλογής έχει επιστραφεί. Η έκθεση του μουσείου είναι πολύ ενδιαφέρουσα και έχει μια μεγάλη ιστορική σημασία, ότι μόνο επιβεβαιώνει πόσο σημαντική θέση στην πολιτιστική ανάπτυξη των νησιών της Σαντορίνης στο Αιγαίο Πέλαγος.