Εκκλησία της Μαρίας της Μαγδαληνής βρίσκεται στην περιοχή Södermalm. Η ιστορία του ναού χρονολογείται πίσω στο 1350-ο έτος, όταν ο βασιλιάς Magnus Eriksson με την έγκριση του Πάπα Κλήμεντα VI έχτισαν ένα παρεκκλήσι και την αφιέρωσαν στη Μαρία Μαγδαληνή. Η εξωτερική εμφάνιση του κτιρίου από τα έτη αυτά άσχημα τεκμηριωμένες, και το μόνο σωζόμενο χαλκογραφία απεικονίζει το εκκλησάκι ως ένα μικρό κτίριο με ένα μεγάλο πύργο, που ολοκληρώνεται με ένα μυτερό κωδωνοστάσιο.

Στις αρχές του 1520s απελευθέρωσε Gustav Vasa στη Στοκχόλμη, και τα στρατεύματά του επικεφαλής του Peder Fredagom κατασκήνωσαν στο παρεκκλήσι, αλλά υπέστη σοβαρές απώλειες, όταν η δανική στρατός Χριστιανός ΙΙ τους επιτέθηκαν από την πόλη. Αυτό το γεγονός μπορεί να ήταν ένας από τους κύριους λόγους για τους οποίους Gustav Vasa καταστρέψει όλες τις εκκλησίες, μοναστήρια και παρεκκλήσια που περιβάλλουν την πόλη, μετά την εισαγωγή του Προτεσταντισμού το 1527, όπως το παρεκκλήσι της Μαρίας της Μαγδαληνής. Ωστόσο, ο γιος του, ο βασιλιάς Ιωάννης Γ, άρχισε την κατασκευή μιας νέας εκκλησίας στην περιοχή του παρεκκλησίου το 1588. Ωστόσο, το θάνατό του το 1592 διέκοψε την συνεχιζόμενων εργασιών κατασκευής, και η εκκλησία παραμένει ημιτελής μέχρι 1634.

Αρχιτέκτονες Νικόδημος Tessin ο παλαιότερος και Tessin νεώτερος ανέλαβε τη συνέχιση της κατασκευής και έχτισε το μπαρόκ εκκλησία. Το κωδωνοστάσιο, η οποία θεωρείται η πιο όμορφη στη Στοκχόλμη, καταστράφηκε κατά τη διάρκεια μιας πυρκαγιάς το 1759 που κατέστρεψε επίσης 300 άλλα κτίρια της περιοχής. Καρλ Γιόχαν Cronstedt ανατέθηκε για να αποκαταστήσουν την εκκλησία, και το έργο του ολοκληρώθηκε το 1763. Έχει διατηρήσει μεγάλο μέρος του αρχικού σχεδιασμού. Αποκατάσταση του εσωτερικού της εκκλησίας της Μαρίας της Μαγδαληνής πραγματοποιήθηκε το 1927, την ίδια χρονιά εκεί ιδρύθηκε το πρώτο σώμα, μια δεύτερη προστέθηκε το 1986.