Εκκλησία του Σαν Σεμπαστιάν βρίσκεται στην κορυφή ενός λόφου, κοντά στην ψαραγορά, στο βόρειο τμήμα της παλιάς πόλης του Λάγος. Από αυτό το σημείο και προσφέρει εκπληκτική πανοραμική θέα στον κόλπο. Η εκκλησία θεωρείται ένα από τα παλαιότερα και πιο όμορφες εκκλησίες της πόλης.

Ακόμη και πριν από την εκκλησία χτίστηκε στο σημείο το 1325 ήταν ένα παρεκκλήσι του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου της Παναγίας. Στο 1463, ο Επίσκοπος João de Mello έχει κάνει ότι στην θέση αυτή χτίστηκε ένας ναός. Το 1490, με εντολή του βασιλιά της Πορτογαλίας, Don João II, ήμασταν και πάλι εις πέρας το έργο της ανασυγκρότησης, και ο ναός επεκτάθηκε. Μετά από αυτό, ο ναός εγκαινιάστηκε η Εκκλησία του Σαν Σεμπαστιάν (Εκκλησία του Αγίου Σεβαστιανού). Δυστυχώς, όπως έχει συμβεί με πολλά ιστορικά κτήρια στην Πορτογαλία, η εκκλησία είχε σχεδόν καταστραφεί από τον σεισμό της Λισαβόνας το 1755. Η εκκλησία αναστηλώθηκε, και δύο αιώνες αργότερα, η εκκλησία καταστράφηκε πάλι από σεισμό που σημειώθηκε το 1969. Την πάροδο του χρόνου, ο ναός αποκαταστάθηκε.

Στο εσωτερικό του ναού του τρία κλίτη διαχωρίζονται με δωρικούς κίονες. Το αρχικό κύριο βωμό του ναού χρονολογείται από τον XVI αιώνα. Βωμός αποτελείται από τέσσερα πάνελ. Αναμένεται ότι αυτοί οι πίνακες δημιουργήσει ένα από τους πιο διάσημους καλλιτέχνες του Algarve στο XVI αιώνα Alvaro Dias. Η εκκλησία κράτησε το παλιό σχέδιο της πόλης. Το 1828, η εκκλησία έχει έναν πύργο με ένα κουδούνι.

Το 1924, η εκκλησία του Σαν Σεμπαστιάν έχει καταχωρηθεί ως μνημείο εθνικής σημασίας.